データサイエンスと生物と時々ビッグデータ

最近はてなブログでちゃんとした本の貼り方を知りました。笑

はてなブログ優秀ですね。

今回は本とかもちょくちょく紹介しながら内容薄〜く、ぬるぬる〜って進もうとか言うコンセプトで描いてるんですけど、もう挫折しかけてます笑。

薄い本とかにドンドン手が伸びていきます。読んでた本の貯金も既に底をつき始めた笑。不勉強が見え隠れしますね。

っつーか買いだめてたタラレバ娘。も読まないと。って感じです。

去年の後半は僕は狂ったようにパソコンを調べたり、機械学習についてのセットアップについて調べていました。

僕をよく知る人たちは「何でコイツいきなり生物なのにパソコンやり始めてるの？」って思ったと思います。

それは、生物の今の解析がビッグデータの処理になってる事に気がついたからです。

詳細については以下の様な本があります。大分テクニカルな内容が主な中身になっているしオススメ出来るとは言い難いけど。(時間がなくて全然手が回ってないし、理解もあまりできていないんですけど…笑)

生命情報処理における機械学習 多重検定と推定量設計 (機械学習プロフェッショナルシリーズ)

ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1)

この内容を読んでいけば分かるのですが、最近の生物は検定について色々議論する事に加え、「得られたデータをどう言う風に意味あるカタチに落とし込むか。」と言うことも重要になってきている様に感じます。

その為に、データ解析の手法である人工知能技術などが導入されたり(バイオインフォマティックスとか言う)、まとめ方も多種多様になってきていたりします。イメージとしては下記の様な感じ。(僕もよく読み方わかってるとは言い難い)

バイオリンプロット

qqplot

 

クラスタリング

こう言うのを見ると、データが読めないよ！解析どーなってんだよ！！って気持ちしか出てきません。

 その為に、作り方を学ばないと！って思って僕はパソコンとついに向き合わなくてはイケナクナッタって経緯ですね。

いやはや…世の中難しくなり過ぎています。

次はそんな動機でデータ処理についてネットサーフィンして、人工知能などの技術にズブズブ溺れていった話でもしようと思います。

詳細(適当に貼ってみたかっただけだからいい資料だと言う保証はない。qqplotだけは保証できる。)

バイオリンプロット

qqplot

クラスタリング

バイオインフォマティクスによる遺伝子発現解析 from sesejun

その他(こんな感じの処理もあるよーって紹介程度)

SNPデータ解析入門 from Amelieff

講義動画

1. Introduction to Computational and Systems Biology - YouTube

遺伝子ってホントに工学して良いのかな？

最近少し遺伝子工学関係の知識が必要になったので、この様な本らを最近流し読みしました。

ゲノム編集とは何か 「DNAのメス」クリスパーの衝撃 (講談社現代新書)

ゲノム編集入門: ZFN・TALEN・CRISPR-Cas9

多分普段普通に生活されてる方は「ゲノム編集」などと言う単語を聞いてもあまりピンとこないんじゃないかなーって思います。

因みに僕も最近知りました。本によると2010年代に出てきた技術なんだからそりゃ新し過ぎて知りませんわ。って感じです。

端的に纏めると、『DNAやRNAという遺伝子をハサミみたいに狙ったところを狙った分だけチョー簡単に切ったり出来る様になった技術。』みたいです。貼る事も出来ます。イメージとしてはこんな感じ。

解説(英語)

科学も俺の知らないところで影で進み過ぎてるんだなって感想を持ちました。読んでて分かるんですけど、ココに登場してくる人達って全員MADな感じを持ってる様に感じたんですよね。

「オレタチハ神ノ技術ヲ手ニ入レタ！」みたいな具合です。

実の所僕も高校生の時、生物の資料集を読んでた時に同じ事思いました。「遺伝子ごと操作できれば俺神じゃね？」みたいな。

でも、なんか人生生きてて、世の中って思った通り理詰めで動かないな。って思いました。

それを踏まえて最近思うのは、「遺伝子を合理的に操作しようとするのって傲慢じゃね？」って、フワッとした感想です。

スタンフォード大学とかシリコンバレーで遺伝子工学をやってる人達はその様な事を思わないんだろうか？と言う疑問を最近僕は持ってしょうがありません。

やっぱり、技術としては面白いけど、生命活動に人の手が加わるのは僕のポリシーに反するなって感じの感想を最近持ちました。

因みにCRISPR-Cas9を発見したダウドナさんのプレゼンがTEDにあったので、貼っときます。

詳細